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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
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Data corrente: |
06/07/2022 |
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Data da última atualização: |
06/07/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
IBELLI, A. M. G.; SALMÓRIA, L. A.; TAVERNARI, F. de C.; PEIXOTO, J. de O.; MARCELINO, D. E. P.; DAL PIZZOL, M. S.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C. |
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Afiliação: |
ADRIANA MERCIA GUARATINI IBELLI, CNPSA; LETÍCIA ALVES SALMÓRIA, Unicentro/Guarapuava; FERNANDO DE CASTRO TAVERNARI, CNPSA; JANE DE OLIVEIRA PEIXOTO, CNPSA; DÉBORA ESTER PETRY MARCELINO, FACC; MARIANE SPUDEIT DAL PIZZOL, UDESC/Chapecó; MAURICIO EGIDIO CANTAO, CNPSA; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA. |
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Título: |
Identificação e caracterização de variantes funcionais no transcriptoma de duodeno em poedeiras. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL ON-LINE, 14., 2021. Anais.... Chapecó: UDESC: Concórdia: Embrapa Suínos e Aves, 2022. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Resumo: O aumento no número de trabalhos de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) tem permitido que estes dados sejam utilizados em abordagens além da análise de expressão gênica diferencial. Entre elas, pode-se citar a identificação de variantes funcionais baseadas em dados de RNA-Seq que tem se tornado uma alternativa para prospectar polimorfismos em diversas espécies. Sabendo que esta estratégia é pouco utilizada nos estudos com galinhas, o objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar variantes funcionais no transcriptoma de duodeno de galinhas poedeiras. Para isso, dados de transcriptoma de duodeno de galinhas foram utilizados para a detecção de variantes utilizando o software GATK. Em seguida, as variantes identificadas foram anotadas com a ferramenta Variant Effect Predictor (VEP) do Ensembl. Foram identificadas 119.046 variantes nos transcriptomas avaliados, sendo que 106.644 já haviam sido descritas (89,6%) e 12.402 (10,4%) foram descritas neste trabalho. Entre as novas variantes encontradas, podem-se citar mutações missense com efeitos deletérios nos genes TNFRSF10B, DHX8, NRDC e SSPN que estão em regiões de QTL para diversas características de interesse para a avicultura. Estes dados constituem uma fonte de conhecimento da variabilidade genética desta espécie, contribuindo para um melhor entendimento da genômica funcional de aves. Abstract: The increase in the RNA sequencing (RNA-Seq) studies has allowed the use of these datasets in new approaches other than differentially expression analysis. One of them is the functional variants identification that has become an alternative way to prospect polymorphisms in several species. Since there are few studies using RNA-seq to find variants in chickens, this study aimed to identify and to characterize the presence of functional variants in the laying hens? duodenum transcriptome. To this, chicken duodenal transcriptome data were used for variant detection using GATK software. The identified variants were annotated using Ensembl's Variant Effect Predictor (VEP) tool. A total of 119,046 variants were found in the evaluated transcriptomes, where 106,644 were existing (89.6%) and 12,402 (10.4%) were novel variants. Among them, it is possible to highlight some missense mutations with deleterious effects predicted in the TNFRSF10B, DHX8, NRDC and SSPN genes that are in QTL regions for several traits of interest to poultry industry. Our data constitute a source of knowledge in the chicken genetic variability, contributing to a better understanding on its functional genomics. MenosResumo: O aumento no número de trabalhos de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) tem permitido que estes dados sejam utilizados em abordagens além da análise de expressão gênica diferencial. Entre elas, pode-se citar a identificação de variantes funcionais baseadas em dados de RNA-Seq que tem se tornado uma alternativa para prospectar polimorfismos em diversas espécies. Sabendo que esta estratégia é pouco utilizada nos estudos com galinhas, o objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar variantes funcionais no transcriptoma de duodeno de galinhas poedeiras. Para isso, dados de transcriptoma de duodeno de galinhas foram utilizados para a detecção de variantes utilizando o software GATK. Em seguida, as variantes identificadas foram anotadas com a ferramenta Variant Effect Predictor (VEP) do Ensembl. Foram identificadas 119.046 variantes nos transcriptomas avaliados, sendo que 106.644 já haviam sido descritas (89,6%) e 12.402 (10,4%) foram descritas neste trabalho. Entre as novas variantes encontradas, podem-se citar mutações missense com efeitos deletérios nos genes TNFRSF10B, DHX8, NRDC e SSPN que estão em regiões de QTL para diversas características de interesse para a avicultura. Estes dados constituem uma fonte de conhecimento da variabilidade genética desta espécie, contribuindo para um melhor entendimento da genômica funcional de aves. Abstract: The increase in the RNA sequencing (RNA-Seq) studies has allowed the use of these datasets in new approaches other than di... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
InDels; RNA-Seq; SNPs. |
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Thesagro: |
Galinha Para Postura; Genética Animal; Polimorfismo. |
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Thesaurus Nal: |
Chickens; Polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1144489/1/final9762.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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Data corrente: |
19/12/2019 |
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Data da última atualização: |
07/04/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Circular Técnica |
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Autoria: |
COSTA, R. V. da; CAMPOS, L. J. M.; ALMEIDA, R. E. M. de; PEREIRA, L. A. O. A.; COTA, L. V.; SILVA, D. D. da; BERNARDES, F. P.; AMORIM, F. R. de. |
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Afiliação: |
RODRIGO VERAS DA COSTA, CNPMS; LEONARDO JOSE MOTTA CAMPOS, CNPSO; RODRIGO ESTEVAM MUNHOZ DE ALMEIDA, CNPASA; Lucas André Oliveira Almeida Pereira, Estagiário da Embrapa Soja; LUCIANO VIANA COTA, CNPMS; DAGMA DIONISIA DA SILVA, CNPMS; Fernanda Pinheiro Bernardes, Estagiária da Embrapa Milho e Sorgo; Felipe Rosa de Amorim, Estagiário da Embrapa Milho e Sorgo. |
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Título: |
Comportamento de híbridos de milho na safrinha em Tocantins. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2019. |
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Série: |
(Embrapa Milho e Sorgo. Circular Técnica, 258). |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
As características dos híbridos, como o ciclo, o potencial e a estabilidade produtiva e a reação das pragas e doenças, devem ser consideradas em cada localidade. Além disso, em razão da grande quantidade de híbridos disponíveis, assim como a variabilidade de suas características agronômicas, é necessário um estudo de avaliação para identificar as cultivares mais bem adaptadas a cada condição de semeadura. De acordo com os resultados, nota-se que a época de semeadura é um dos principais fatores que afetam a produtividade do milho safrinha no Tocantins. Quanto mais tardia for realizada a semeadura, principalmente a partir de meados de fevereiro, maiores serão os riscos de restrições hídricas e, consequentemente, de obtenção de baixas produtividades. O atraso na época de semeadura reduziu a produtividade dos híbridos. |
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Palavras-Chave: |
Tocantins. |
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Thesagro: |
Hibrido; Milho; Safrinha; Variedade; Zea Mays. |
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Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/212211/1/CircTec-258.pdf
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Marc: |
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520 $aAs características dos híbridos, como o ciclo, o potencial e a estabilidade produtiva e a reação das pragas e doenças, devem ser consideradas em cada localidade. Além disso, em razão da grande quantidade de híbridos disponíveis, assim como a variabilidade de suas características agronômicas, é necessário um estudo de avaliação para identificar as cultivares mais bem adaptadas a cada condição de semeadura. De acordo com os resultados, nota-se que a época de semeadura é um dos principais fatores que afetam a produtividade do milho safrinha no Tocantins. Quanto mais tardia for realizada a semeadura, principalmente a partir de meados de fevereiro, maiores serão os riscos de restrições hídricas e, consequentemente, de obtenção de baixas produtividades. O atraso na época de semeadura reduziu a produtividade dos híbridos.
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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